Trước năm 1945 là các làng: Đồng Nghĩa, Hải Khẩu, Tân Yên, Thuận Định, Vĩnh Lộc, Xuân Chữ và Yên Điềm (tổng Đậu Chữ).

Cuối năm 1945, thành lập xã Đậu Ninh.

Năm 1949, nhập với xã Đậu Thọ thành xã Lĩnh Nam.

Năm 1954, chia xã Lĩnh Nam thành 2 xã Kỳ Ninh (Đậu Ninh cũ) và Kỳ Thọ (Đậu Thọ cũ).

Trước năm 2013, toàn xã Kỳ Ninh có 13 thôn là: Tam Hải 1, Tam Hải 2, Đồng Tiến, Đồng Tâm, Đồng Tân, Vĩnh Lộc, Tân Giang, Xuân Hà, Tân Thuận, Hải Điền, Hải Lộc, Vĩnh Lợi, Bàn Hải, Tân Thành.

Hiện nay, sáp nhập thành 9 thôn: Tân Thắng, Tân Thành, Vĩnh Thuận, Hải Hà, Tân Tiến, Tiến Thắng, Bàn Hải, Tam Hải 1 và Tam Hải 2.[4]

Từ xa xưa trên địa bàn xã này có tuyến kênh Nhà Lê nối từ kinh đô Hoa Lư đến Đèo Ngang đi qua, là tuyến đường thủy đầu tiên trong lịch sử Việt Nam và được coi là tuyến đường Hồ Chí Minh trên sông vì những đóng góp cho các cuộc chiến tranh của người Việt.